沈百荣博士个人简历

 

沈百荣博士,HVP中国区第三届专家委员会副主任、委员
一、个人简历
2008年夏任苏州大学系统生物学中心(校级研究中心)主任,特聘教授,兼任生物信息学系主任(2009-2013
2005年起任同济大学生命科学院生物信息学教授,博士生导师
20041月任芬兰坦佩雷大学助理教授/副教授(生物信息学)
2000年在芬兰坦佩雷大学转向生物信息学研究
19995月任复旦大学化学系副教授(物理化学)
1997年毕业(博士)于复旦大学化学系
1990~94苏州医学院化学教研室,讲师
1990年华东师范大学化学系毕业,硕士
1987年苏州大学化学系毕业, 学士
二、研究领域:
近年来主要兴趣:1)前列腺癌症的P4医学;2)基于互联网+的医生、病人和医院三个层次的数据资源共享平台建设。
包括不同专业背景的研究方向:
1. 高通量组学数据(包括下一代测序技术)的分析(计算机专业);
2. 疾病相关的重要生物网络的系统生物学模拟(数学、电子信息工程专业);
3. 非编码RNA的生物标志物发现(医学:与附属医院合作);
4. 疾病相关蛋白质变异数据库和蛋白质功能位点的分析(生物、物理和化学专业)。
5. 电子病历的数据分析与建模(计算机工程、统计)
三、学术兼职与学术组织活动 
学术兼职:
1. 美国西雅图系统生物学研究所(ISB)兼职教授
2. 中国运筹学会计算系统生物学分会副理事长 ;医学系统生物学学组组长
3. 中国生物化学与分子生物学会分子系统生物学专业委员会委员
4. 中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会常务委员; 转化医学信息学组组长
5. 中国医药生物技术协会/生物医学信息技术分会委员
6. 国际人类基因变异组项目中国区工委第三届专家委员会副主任、委员
7. 江苏省医学会医学信息学专业委员会主任委员
8. 江苏省太仓转化医学信息学中心主任
9. 国家基金委2015年生命科学部遗传与生物信息学学科评审组专家、国家基金委2015年生命科学部优青评审专家
 
国际期刊编委:
1. Biological Procedures Online  (生物规程在线)
2. Frontiers in Neurogenomics (神经组学前沿)
3. Dataset Papers in Biology (生物数据)
4. Journal of Community Medicine and Public Health Care (社区医学与公共卫生)
 
国际期刊特邀编辑
1. Computational and Mathematical Methods in Medicine:Translational Bioinformatics and Computational Systems Medicine
2. The Scientific World Journal: Biomedical Informatics and Computational Biology for High-Throughput Data Analysis
3. Journal of Biomedicine and Biotechnology: Translational Biomedical Informatics and Computational Systems Medicine
 
国际期刊和出版社特邀评审专家
1. Nucleic Acids Research
2. Journal of Molecular Cell Biology
3. RNA Biology
4. Clinical Chemistry
5. Bioinformatics
6. PLoS ONE
7. BMC Systems Biology
8. BMC Bioinformatics
9. BMC Genomics
10. Journal of Biomedicine and Biotechnology
11. Journal of Theoretical Biology
12. Protein Engineering Design and Selection
13. OMICS: A Journal of Integrative Biology;
14. Computational and Mathematical Methods in Medicine
15. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics;
16. Letters in Drug Design & Discovery
17. Tumor Biology
18. Oxford University Press
19. Bentham Science Publishers
20. Science Press(China)
 
 
组织系列活动:
1. 国际转化医学信息学会议(International Conference on Translational Biomedical Informatics, ICTBI 2012, ICTBI2013等系列会议);
2. 中美转化医学信息学研讨会(Sino-US Translational Biomedical Informatics Workshop,SU-TBIW 2014,等系列会议)
著名国际大会特邀报告:
1. 国际转化医学信息学会议大会报告,韩国,2013http://www.snubi.org/TBC2013/speakers2013.html
2. 冷泉港-亚洲会议邀请报告,苏州,2013
四、
2008年回国以来主持或参加科研项目:
主持******科研项目:
1. 疾病相关氨基酸变异与生物功能关系的模型建立、软件开发与高通量计算分析(2009.1-2011.12, 国家自然科学基金,31万,主持)
2. 整合分析组学数据、寻找前列腺癌相关的microRNA调控模块(2011-2011,国家自然科学基金主任基金,10万,主持)
3. 前列腺癌相关生物模块和通路的数据库构建及其功能分析 (2012-2015, 国家自然科学基金面上项目, 60万,主持)
4. 前列腺癌诊断、分级和预后相关的生物分子网络的构建和数学模拟(国家自然科学基金重大计划,培育项目,主持,70万,2012-2015 
5. 基于网络分析寻找前列腺癌相关microRNA生物标志物 (2015.1-2018.12, 国家自然科学基金, 80万,主持)
主持其他科研项目:
6. 白血病相关生物网络模块和反应通路的数据库构建与功能分析(2012-2014,高等学校博士学科点专项科研基金,12万, 主持)
7. 蛋白质生物功能位点的生物信息学预测:算法与软件开发 (教育部留学人员回国基金, 主持,4万,2008)
8. 系统生物学模式的新型肝癌智能诊疗技术 (苏州国际科技合作计划, 主持,10万,2012)
参加科研项目:
9. 医疗信息集成融合技术与系统开发(“十二五”国家高技术研究计划<863计划>生物和医药技术领域“数字化医疗工程技术 开发”重大项目,105万,2013
10. 微小RNA在若干重要器官发育中的网络调控机理及其功能(2007.1, 973计划,参加,负责微小RNA生物信息学与系统生物 学, 43万)
11. 组织干细胞的干性维持、分化控制和免疫调节研究 (2010.1, 973计划,参加,负责生物信息学与系统生物学)
12. IL-1 a 在肝脏慢性炎症及肿瘤发生过程中的作用及其对机体免疫应答的影响(“非可控性炎症恶性转化的调控网络及 其分子机制”重大研究计划培育项目,2011-2013,55万,共同主持)
五、本科与研究生教学:(目前已经培养9名博士毕业生, 硕士28人)
1. 统计力学(Statistical Mechanics,复旦大学,1997-1999
2. R语言及其应用(R programming, University of Tampere,Finland 2004-2008)
3. 结构生物信息学(Structural Bioinformatics,University of Tampere,Finland 2004-2008)
4. 基因组信息学与Perl(Genome Informatics with Perl, 同济大学 2006-2007)
5. 基因芯片数据分析(Microarray data analysis, University of Tampere,Finland 2004-2008)
6. 分子系统发生学(Phylogenetics, University of Tampere, 2004-2008
7. 蛋白质组信息学(Proteome Informatics with R,同济大学 2006-2009)
8. 系统生物学基础与应用(Systems Biology, University of Tampere,Finland 2004-2010)
9. 计算生物学 (苏州大学 2008-现在)
10. 免疫信息学与系统生物学 (苏州大学 2008-现在)
六、在国际杂志上发表的研究论文、专著、章节等
在国际杂志上发表的论文75篇: 生物医学(2003年以后)
 在国际杂志上发表的论文14篇: 物理化学(2003年以前)
 在国际出版社出版的专著或章节5
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